El COBAEJ imparte Bachillerato con Capacitación para el Trabajo mediante las siguientes modalidades:

Escolarizada.- En la que es indispensable la asistencia diaria a tus clases para abordar los contenidos temáticos del plan de estudios, así como desarrollar las actividades complementarias como lo son: prácticas de laboratorios, prácticas de talleres, visitas a bibliotecas, instituciones y empresas.

A distancia.- Presente en regiones del Estado muy alejadas o que cuentan con pequeños núcleos de población y por consiguiente carecen de planteles educativos suficientes. Se imparte a través de asesores y con la participación autodidacta de los estudiantes (obtención de conocimientos por sí mismos) incorporando tecnologías informáticas como lo son: Red Edusat, Internet, videoconferencias, asesoría académica en línea, videos interactivos, entre otras.